한국기독교100주년기념교회 (이하. 100주년기념교회)는 양화진외국인선교사묘원의 법적 소유주인 한국기독교100주년기념재단에 의해서 2005년 7월 10일에 창립되었습니다. 100주년기념교회는 한국 기독교의 두 성지인 양화진외국인선교사묘원과 한국기독교순교자기념관이 사유화되는 것을 막고, 한국 기독교 100년의 신앙과 정신을 잇고, 한국 기독교 200년을 향한 바른 길닦이의 사명을 다하기 위해서 창립되었습니다. 또한 100주년기념교회는 여러 교단과 기관의 연합체인 100주년기념재단에 의해 창립되었기에 특정한 교단에 가입할 수 없는 연합교회의 모습을 갖고 있지만, 자기 정체성을 유지하기 위해서는 제도적으로 독립교회이어야 하는 정체성을 갖고 있습니다.